Auxílio e gestão são os dois maiores desafios para as novas empresas, por isso, as incubadoras e aceleradoras surgiram como um apoio aos empreendedores durante o processo de geração e consolidação de sua startup. As duas instituições tem como objetivo auxiliar as empresas a expandirem seus negócio e torná-los rentáveis, porém com foco e estrutura um pouco distintos.

Uma incubadora de empresas normalmente não tem fins lucrativos e estimula a criação e o desenvolvimento de micro e pequenas empresas

(industriais, de prestação de serviços, de base tecnológica ou de manufaturas leves), oferecendo suporte técnico, gerencial e formação complementar do empreendedor.

Além disso, a incubadora também facilita e agiliza o processo de inovação tecnológica dessas empresas. Em um espaço físico, especialmente construído ou adaptado para alojar temporariamente micro e pequenas empresas, é oferecida uma série de serviços, entre eles, assessorias, cursos de capacitação gerencial, consultorias, orientação na elaboração de projetos, serviços, entre outros.

A aceleradora é uma organização privada, geralmente mantida por empreendedores ou investidores experientes. Por ter seu lucro ligado diretamente ao sucesso da startup atendida, ela busca modelos de negócios que tenham uma rápida geração de resultados.

As ofertas desse serviço envolvem principalmente o mentoring, por meio de palestras, cursos de capacitação, consultoria, além de ampliação da rede de networking, inclusive por meio de contatos internacionais. O objetivo é auxiliar a formatação do negócio de maneira que ele ganhe escala de forma mais rápida.

A participação em uma incubadora geralmente é gratuita ou mediante o pagamento de taxas, enquanto na aceleradora, é necessário ceder parte das ações.